Desa Borong Loe merupakan hasil pemekaran dari Desa Baji Minasa. Nama "Borong Loe" berasal dari kata "Romang" yang dalam bahasa setempat berarti hutan, sebuah simbol dari fenomena alam kawasan ini yang dahulu masih dipenuhi hutan lebat.
Sekitar tahun 1955, masyarakat mulai bermukim di wilayah Borong Loe dengan membuka lahan perkebunan. Sebagian besar dari mereka berasal dari daerah Jeneponto. Secara bergotong royong warga membuka lahan sebagai tempat mencari nafkah, sekaligus bersama-sama memelihara dan menjaga kebun melalui tradisi "Akjaga", yaitu menjaga tanaman dari berbagai hewan perusak seperti babi dan monyet. Pada masa itu warga juga bahu-membahu membangun masjid sebagai sarana ibadah, menggunakan bahan bangunan dari kayu yang ditebang di sekitar kampung.
Pada tahun 1985 terbentuklah Desa Persiapan Borong Loe. Kepemimpinan pertama dipegang oleh Bapak Mido, namun hanya berlangsung sekitar satu bulan karena beliau wafat. Sejak saat itu tampuk kepemimpinan desa dilanjutkan secara berturut-turut oleh: Bapak Muhtar Mudo (1985-1988) Bapak H. Karim (1988-1990) Bapak H. Galla Tallasa (1990-2006) Bapak Abd. Latif Latta (2007-2013) Bapak H. Hasyim (2013-2019) Ibu Sri Rahma Lilianti (2019-sekarang)